Подводная съемка значительно сложнее по сравнению с обычной процедурой получения снимков из-за очень жестких условий окружающей среды (видимость ограничена, контролировать условия освещения практически невозможно, трудно разместить и зафиксировать даже несколько контрольных точек в сцене съемки, сложность в повторе того или иного действия). Поэтому рекомендуется тщательно спланировать съемку перед тем, как приступить к ней. Предпочтительнее делать избыточное количество снимков, чем иметь недостаточное перекрытие изображений или неполный набор данных. По возможности дождитесь безветренной погоды и яркого света - это позволит расширить зону видимости.
Рассмотрите возможность использования освещения при съемке под водой или постоянного источника света, который увеличит видимое расстояние и качество получаемых изображений.
Рекомендуется применить для съемки траектории "Змея" или "Спираль", как показано на изображении ниже: 
Если данные изображения получены из видеосъемки и EXIF-данные отсутствуют, вручную укажите параметры камеры (фокусное расстояние и размер пикселя (оба в мм)) в Metashape перед началом любых операций обработки. Установите параметры в меню Инструменты > Калибровка камеры в соответствии с техническими характеристиками камеры/объектива:
В некоторых случаях обработки подводных снимков можно попробовать выровнять снимки, используя в настройках выравнивания Преселекция по привязке - Порядок кадров, а затем выровнять фотографии, используя настройку Преселекция по привязке - Рассчитанные значения.
В случае, если траектория камеры располагается по прямой линии (без дополнительных линий и бокового перекрытия), рекомендуется включить Преселекции по привязке - Порядок кадров и отключить опцию Общая преселекция в диалоговом окне Выровнять фотографии.
Источники дополнительной информации по теме:
1. Shaun Lee, "Mapping life on the seafloor". September 04, 2020
2. Deep3D, "Aligning The Images – Why Things Go Wrong". March 08, 2019